バイオインフォマティクス初心者の日常

バイオインフォマティクス関連の研究・勉強などなど

「世界でもっとも強力な9のアルゴリズム」読了

書籍・感想

世界でもっとも強力な9のアルゴリズム

世界でもっとも強力な9のアルゴリズム

タイトル的に難解そうだなと思いつつ「世界で最も強力な9のアルゴリズム」を読んでみた。"世界で最も強力" なんて言うので、ちょっと情報科学をかじった程度の自分では理解できないかもと心配していましたが、身近で利用されている色々な情報科学アルゴリズムについて初心者にもわかりやすい例えで説明をしていて、1日で楽しく読み進めることができました。

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bioperlを利用した配列アライメントファイルのフォーマット変換方法(Bio::AlignIO)

Perl プログラミング バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクスの研究を進めていると、ある配列保存フォーマットから別のフォーマットに変換したい時がある。そんなときに有用な、bioperlを利用した配列アライメントファイルのフォーマット変換方法のメモ

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perlの "autodie" を使ってみた

Perl プログラミング

perlではファイルを開くときに、

open(FILE,"open_file") or die "Can't open file!!";

こんな書き方をすることが多かったのですが、"or die" だとエラーが発生しても、"Can't open file!!" という自分が書き込んだ情報しか得られず、デバッグが非常にやりづらかった。
そこで、もっといい方法を探すと、"autodie" というものを使うと、より詳細なエラー情報を返してくれるようになったので、その紹介をします。

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配列クラスタリングプログラムCD-HITの使い方

プログラムツール バイオインフォマティクス

配列データベースの冗長性を排除するために、配列類似性に基づいてクラスタリングを行うプログラムCD-HIT(Cluster Database at High Identity with Torelance)の使い方メモ

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NCBIから特定のGI numberリストを取得する方法

バイオインフォマティクス

NCBIのWebサービスを利用して、特定のGI numberリストを取得する方法のメモ

研究の中でNCBIデータベース上にあるウイルス全タンパク質のGI numberリストが必要になったので、その方法を探してみました。すると、NCBIの検索機能である "Entrez" を利用することで、リスト取得ができたので、その方法の紹介をします。
※ GI number : NCBIに登録された各配列に付与された一意的な識別子

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配列保存領域の抽出プログラムGblocksの使い方

プログラムツール バイオインフォマティクス 系統解析

マルチプルアライメントされた配列においてオプション設定閾値にしたがって、保存されていると判定された領域のみを取り出すプログラム "Gblocks" の使い方とオプション設定に関するメモ

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