OrthoMCLは複数生物種のタンパク質FASTAファイルを読み込み、配列の類似性をもとにオーソログのクラスタリングを実行するプログラム Ubuntu14.04(16.04)へのOrthoMCL ver2.0.9のインストールに少し手間取ったので、そのインストールをしたときのメモ書き

perlのモジュールインストールに関するメモperlでは非常に多くのモジュール(プログラムの部品)が作られてきており、それらはCPANからダウンロードすることができます。 ※CPAN : Comprehensive Perl Archive Networkただし、他人が作ったプログラムを使うには…

近隣結合法による系統樹作成が可能な "clustalw" の使い方メモ

配列データベースの冗長性を排除するために、配列類似性に基づいてクラスタリングを行うプログラムCD-HIT(Cluster Database at High Identity with Torelance)の使い方メモ

マルチプルアライメントされた配列においてオプション設定閾値にしたがって、保存されていると判定された領域のみを取り出すプログラム "Gblocks" の使い方とオプション設定に関するメモ

分子生物学でよく使われるBLASTプログラムについての使い方まとめ

NCBIの一意的な遺伝子IDであるGI numberをもとにして、FASTA配列とかGenbank形式ファイルをプログラムで自動的に取ってこれないかな～ と思っていたところ "E-utilities" という便利なサービスを発見したので、そのサービス内容(一部)と提供サービスを組み込…

タンパク質ドメイン検索に基づいた機能推定のためのプログラムのお話機能未知のタンパク質の機能を推定する際には、タンパク質の最小機能単位であるドメインの構成を調べることで、既知ドメイン情報が検出された場合に、機能推定が可能になります。