参考記事: NCBI is phasing out sequence GIs - use Accession.Version instead!タイトル通りNCBIの遺伝子IDとして長く利用されてきたGI numberが2016年9月より段階的に廃止されていくらしい。今後は以前よりGI numberと混在していたAccession numberがNCBI…

目的の生物種全ゲノムのGenbankファイルとそれに対応する全タンパク質FASTAファイルを手動でダウンロードするのが面倒だったので、Perlで自動化してみた。 Bio::Perlを利用したAccession NumberからのGenbankファイルのダウンロード及びGenbankファイルから…

perlのモジュールインストールに関するメモperlでは非常に多くのモジュール(プログラムの部品)が作られてきており、それらはCPANからダウンロードすることができます。 ※CPAN : Comprehensive Perl Archive Networkただし、他人が作ったプログラムを使うには…

バイオインフォマティクスの研究を進めていると、ある配列保存フォーマットから別のフォーマットに変換したい時がある。そんなときに有用な、bioperlを利用した配列アライメントファイルのフォーマット変換方法のメモ

perlではファイルを開くときに、 open(FILE,"open_file") or die "Can't open file!!"; こんな書き方をすることが多かったのですが、"or die" だとエラーが発生しても、"Can't open file!!" という自分が書き込んだ情報しか得られず、デバッグが非常にやりづ…

perlによるデータ解析のための設定ファイルの作成方法と設定ファイル読み込みのためのモジュール "Config::Simple" に関するメモ

perlで自作の研究用プログラムを使っていて、プログラム実行の度に毎回CPU数の設定をするのは少し面倒くさかったので、perlで自動的にCPU数を確認する方法を調べてみた。

NCBIの一意的な遺伝子IDであるGI numberをもとにして、FASTA配列とかGenbank形式ファイルをプログラムで自動的に取ってこれないかな～ と思っていたところ "E-utilities" という便利なサービスを発見したので、そのサービス内容(一部)と提供サービスを組み込…