初心者が学ぶバイオインフォティクス - バイオインフォマティクス初心者の日常

大学3年生になって、研究室配属されてから早2年

学部時代の勉強内容とはかけ離れたバイオインフォマティクスという分野での研究にようやく慣れてきたかな？という今日この頃

10月から研究室に新入生が例年より多く配属され、後輩に教えなければならない立場になってしまったので、バイオインフォマティクス分野の教育について、初心者なりに考えてみた。

"生命科学" + "情報生物学" の融合分野のことで、近年の遺伝子配列決定や遺伝子発現情報取得の技術的革新(マイクロアレイ解析、次世代シーケンサー解析)によって、指数関数的に増加した大量の生命科学データベースの情報を取り扱った統合的な解析を可能にするために生まれた分野のこと

比較的最近になって生まれた学問(20年前くらいだろうか？)なので、歴史が浅く、大学の指導教員でバイオインフォマティクスの教育を受けた人はほとんどいないかったはず。

そんな事情もあって、まだあまり学生に教育できる人材もおらず、かくいう自分も研究室に配属されてから、悪戦苦闘しながら少しずつ独学で、バイオインフォマティクスの知識を身に着けている感じです。

バイオインフォマティクスを勉強するにあたり、初めに壁になるのは "プログラミング"とプログラムを実行する環境である "LinuxOS" についての理解だろうと思います。

生命科学系の勉強をしてきた人からすると、プログラミングは初めは未知のもので、何かよく分からん文字列が書いてある不気味なものに見えます。さらに、バイオインフォマティクス分野では、WindowsでもMacでもない、LinuxというOSでプログラムを動かすことが多いのですが、この存在もまた初心者からすると謎多きものです。これらのことが、バイオインフォマティクスの勉強意欲を妨げ、習得を困難にさせているのかと。大学ではバイオインフォマティクスのしっかりとした講義は少ないので、生命科学・情報科学横断型の講義がこれから増えるといいなと思います。

またプログラミングなどの情報科学の勉強には、その分野の適性があるかどうかも大切ですが、それと同じくらいに周りにスキルを持った教えられる人がいるかどうかも同じくらい重要だと思います。自分の周りには聞ける人がいなかったので、初めの基礎の習得にとても苦労しました。質問されたら教えられるよう人になれるよう努力していきたいなと思います。

このブログでも、自分の備忘録も兼ねて、プログラミングや解析環境・ツール等の説明をして情報共有していこうと思います。