バイオインフォマティクス初心者の日常

バイオインフォマティクス関連の研究・勉強などなど

解析によく使うLinuxコマンド

解析によく使うLinuxコマンドの備忘録

bzip [オプション] [ファイル名]
指定したファイルを圧縮(拡張子”.bz2” gzipより圧縮効率はいいが、処理に時間が必要)
-d : 圧縮ファイルを展開

cat [ファイル名(複数可)]
指定したファイルの内容を標準出力に出力
リダイレクトを使って、複数のファイルを結合することが可能
(“cat file1 file2 > cat_file”)

cp [オプション] [コピー元] [コピー先]
指定した場所にファイルやディレクトリをコピー
-f : コピー先に同名のファイルがあれば上書きする
-r : ディレクトリ内を再帰的にコピーする(ディレクトリコピー時に必須)

echo [文字列または$変数名]
定義された変数を参照(“echo $PATH”環境変数パスを出力)

find [検索ディレクトリ] [検索式]
指定したディレクトリ以下から、検索条件にマッチするファイルやディレクトリを検索

grep [オプション] [検索パターン] [ファイル名]
ファイルやテキストストリームの中に、正規表現によって表される検索文字列があるかどうか検索
-c : パターンがマッチした行の行数だけを表示
-i : 大文字小文字を区別せず検索
-v : パターンがマッチしない行を表示

gzip [オプション] [ファイル名]
指定したファイルを圧縮(拡張子”.gz”)
-d : 圧縮ファイルを展開

head -n [行数] [ファイル名]
指定したファイルのオプション指定行数の先頭部分を表示(デフォルトn=10)

history
コマンド履歴を古いものから順に表示

ln [オプション] [リンク元(実体)] [リンクファイル]
リンクを作成(オプションなしの場合、ハードリンクを作成)
-s : シンボリックリンクを作成

ls [オプション] [ファイル名またはディレクトリ名]
指定したディレクトリのファイル情報を表示
-l : ファイルの詳細な情報を表示

mv [オプション] [移動元] [移動先]
指定した場所にファイルやディレクトリを移動
-f : 移動先に同名のファイルがあれば移動

nfk [オプション] [ファイル名]
指定したファイルの文字コードを変換
-Lu : LF(Unix形式)に変換
-Lw : CRLF(Windows形式)に変換
-Lm : CR(mac形式)に変換

rm [オプション] [ファイルまたはディレクトリ名]
ファイルやディレクトリを削除
-f : ユーザーの確認なしに削除
-r : 再帰的にディレクトリ全体を削除

sort [オプション] [ファイル名]
行単位でファイルの内容をソート(デフォルトでは昇順 -rオプションで降順ソート)

ssh [接続ホスト] -l [ユーザー名]
リモートホストへのログインを行う

tail -n [行数] [ファイル名]
指定したファイルのオプション指定行数の末尾部分を表示(デフォルトn=10)

top
現在実行中のプロセスを継続的に表示

uniq [ファイル名] 汎用コマンド: “sort file1 | uniq”
入力されたテキストストリームの中で重複している行を調べ、重複している行を1行にまとめて出力
(入力するテキストストリームはソートされている必要あり)

wc [オプション] [ファイル名]
ファイルの行数( -l )、単語数( -w )、文字数( -c )を表示

which [コマンド名]
指定コマンドの絶対パスを表示