Ubuntu14.04(16.04)へのOrthoMCL2.0.9のインストール方法 - バイオインフォマティクス初心者の日常

OrthoMCLは複数生物種のタンパク質FASTAファイルを読み込み、配列の類似性をもとにオーソログのクラスタリングを実行するプログラム
Ubuntu14.04(16.04)へのOrthoMCL ver2.0.9のインストールに少し手間取ったので、そのインストールをしたときのメモ書き

必要なプログラムのインストール

$ sudo apt-get install blast2 mcl cpanminus mysql-server git

mysql-serverのインストール時にデータベースへアクセスするためのパスワードの入力を求められます。この後の設定に使うので、入力パスワードを覚えておいてください。

必要なPerlモジュールパッケージのインストール

$ cpanm BioPerl DBD::mysql DBI Parallel::ForkManager YAML::Tiny Set::Scalar Text::Table Exception::Class Test::Most Test::Warn Test::Exception Test::Deep Moose SVG Algorithm::Combinatorics --sudo

Perlモジュールパッケージのインストールに便利なcpanmを利用

OrthoMCLダウンロードディレクトリ作成と実行スクリプトインストール

# Make orthomcl install directory
[ ! -d ~/bin ]          && mkdir ~/bin
[ ! -d ~/bin/orthomcl ] && mkdir ~/bin/orthomcl
cd ~/bin/orthomcl

# Clone orthomcl-pipeline programs from Github
git clone https://github.com/apetkau/orthomclsoftware-custom.git 
git clone https://github.com/apetkau/orthomcl-pipeline.git

上記のコマンドを実行すると、ホームディレクトリ以下の ~/bin/orthomcl にOrthoMCLの実行スクリプトをGitHubよりインストールします。

OrthoMCLの実行に必要なプログラムのインストール状態確認

$ perl ./orthomcl-pipeline/scripts/orthomcl-pipeline-setup.pl

全てOKが出ていれば、必要なプログラムのインストールができています。

OrthoMCL実行プログラムへのパス通し
OrthoMCL実行プログラムのPATHを通すために、~/.bashrc に以下の情報を書き込む。
PATH=$PATH:~/bin/orthomcl/orthomclsoftware-custom/bin
PATH=$PATH:~/bin/orthomcl/orthomcl-pipeline/bin
その後、下記コマンドを実行して、一時的にPATHを通す。
```
$ source ~/.bashrc  
```
MySQLデータベースアクセスのための設定ファイル作成(orthomcl.conf)

$ perl ./orthomcl-pipeline/scripts/orthomcl-setup-database.pl --user root --password [passward] --host localhost --database orthomcl --outfile orthomcl.conf

[password]の部分を、mysql-serverインストール時に設定したパスワードに書き換えて、上記コマンドを実行すると、OrthoMCLの実行に必要な設定ファイル'orthomcl.conf'がカレントディレクトリに作成される。

OrthoMCLのテスト実行

$ perl ./orthomcl-pipeline/t/test_pipeline.pl -m orthomcl.conf -s fork -t /tmp

テスト実行が全てOKであれば、再ログインしてPATHを通してください。

OrthoMCLの実行

$ orthomcl-pipeline -i [fasta_dir] -o [outdir] -s [processor] -m ./orthomcl.conf --nocompliant --yes

OrthoMCLは上記のようなコマンドで実行が可能です。
-i: 各生物のタンパク質FASTAファイルの入ったディレクトリ(拡張子は '.faa' or '.fasta')
-o: 出力先ディレクトリ
-s: 使用プロセッサー数
その他オプションの詳細はヘルプコマンドで確認してください。

参考サイト
orthomcl-pipeline/INSTALL.md at master · apetkau/orthomcl-pipeline · GitHub