個人的なバイオインフォマティクスのための勉強用サイトリンク集

近隣結合法による系統樹作成が可能な "clustalw" の使い方メモ

バイオインフォマティクスの研究を進めていると、ある配列保存フォーマットから別のフォーマットに変換したい時がある。そんなときに有用な、bioperlを利用した配列アライメントファイルのフォーマット変換方法のメモ

perlではファイルを開くときに、 open(FILE,"open_file") or die "Can't open file!!"; こんな書き方をすることが多かったのですが、"or die" だとエラーが発生しても、"Can't open file!!" という自分が書き込んだ情報しか得られず、デバッグが非常にやりづ…

配列データベースの冗長性を排除するために、配列類似性に基づいてクラスタリングを行うプログラムCD-HIT(Cluster Database at High Identity with Torelance)の使い方メモ

NCBIのWebサービスを利用して、特定のGI numberリストを取得する方法のメモ研究の中でNCBIデータベース上にあるウイルス全タンパク質のGI numberリストが必要になったので、その方法を探してみました。すると、NCBIの検索機能である "Entrez" を利用すること…

perlによるデータ解析のための設定ファイルの作成方法と設定ファイル読み込みのためのモジュール "Config::Simple" に関するメモ

マルチプルアライメントされた配列においてオプション設定閾値にしたがって、保存されていると判定された領域のみを取り出すプログラム "Gblocks" の使い方とオプション設定に関するメモ

分子生物学でよく使われるBLASTプログラムについての使い方まとめ

perlで自作の研究用プログラムを使っていて、プログラム実行の度に毎回CPU数の設定をするのは少し面倒くさかったので、perlで自動的にCPU数を確認する方法を調べてみた。

NCBIの一意的な遺伝子IDであるGI numberをもとにして、FASTA配列とかGenbank形式ファイルをプログラムで自動的に取ってこれないかな～ と思っていたところ "E-utilities" という便利なサービスを発見したので、そのサービス内容(一部)と提供サービスを組み込…

タンパク質ドメイン検索に基づいた機能推定のためのプログラムのお話機能未知のタンパク質の機能を推定する際には、タンパク質の最小機能単位であるドメインの構成を調べることで、既知ドメイン情報が検出された場合に、機能推定が可能になります。

大学3年生になって、研究室配属されてから早2年 学部時代の勉強内容とはかけ離れたバイオインフォマティクスという分野での研究にようやく慣れてきたかな？という今日この頃 10月から研究室に新入生が例年より多く配属され、後輩に教えなければならない立場…

とりあえず簡単に自己紹介でも・・・ バイオインフォマティクスを専攻していて、分子生物学とかプログラミング、情報系のことに興味のある大学院生。 ブログのこととか全然わからないけど、自分から情報をアウトプットしていくと世界が広がるかなー、と思っ…