CPUやメモリの使用率、ネットワーク等の情報をシステムモニタリングツールを起動して確認するのが面倒だったので、デスクトップ上でシステムモニタリングを行う conky を使ってみた。

参考記事: NCBI is phasing out sequence GIs - use Accession.Version instead!タイトル通りNCBIの遺伝子IDとして長く利用されてきたGI numberが2016年9月より段階的に廃止されていくらしい。今後は以前よりGI numberと混在していたAccession numberがNCBI…

OrthoMCLは複数生物種のタンパク質FASTAファイルを読み込み、配列の類似性をもとにオーソログのクラスタリングを実行するプログラム Ubuntu14.04(16.04)へのOrthoMCL ver2.0.9のインストールに少し手間取ったので、そのインストールをしたときのメモ書き

目的の生物種全ゲノムのGenbankファイルとそれに対応する全タンパク質FASTAファイルを手動でダウンロードするのが面倒だったので、Perlで自動化してみた。 Bio::Perlを利用したAccession NumberからのGenbankファイルのダウンロード及びGenbankファイルから…

解析によく使うLinuxコマンドの備忘録

Ubuntuは初期設定ではUnityというデスクトップ環境ですが、Windowsを利用してきた自分としてはいまいちインターフェースに慣れないので、WindowsライクなGNOMEデスクトップ環境に変更してみました。Ubuntu14.04でのGNOMEデスクトップ環境変更方法のメモ書き…

バイオインフォマティクスでデータ解析を始めるにはプログラミング言語の習得が必要不可欠ですが、"どの言語を勉強すればいいのか！？" という疑問が初めに出るんじゃないかなと思います。 C, C++, Java, Perl, Ruby, Python, R、などの言語がバイオインフォ…

各種データベースの管理するFTP(File Transfer Protocol)サイトからデータを自動取得する方法についてのメモデータベースから配列データを取得することは研究の中で日常的に行うことなので、コマンドによるデータの取得がよく利用され、こうしたコマンドをプ…

研究の進捗状況のまとめでGoogleスプレッドシートをよく利用してるんですが、PC環境によって印刷ができたりできなかったりしたので、原因を調査してみた。本来は印刷ボタンをクリックすると、PDF化されたシートのプレビュー画面が出てくるはずなのに、印刷出…

perlのモジュールインストールに関するメモperlでは非常に多くのモジュール(プログラムの部品)が作られてきており、それらはCPANからダウンロードすることができます。 ※CPAN : Comprehensive Perl Archive Networkただし、他人が作ったプログラムを使うには…

世界でもっとも強力な9のアルゴリズム作者: ジョン・マコーミック,長尾高弘出版社/メーカー: 日経BP社発売日: 2012/07/19メディア: 単行本購入: 15人 クリック: 437回この商品を含むブログ (21件) を見るタイトル的に難解そうだなと思いつつ「世界で最も強力…