個人的なバイオインフォマティクスのための勉強用サイトリンク集

近隣結合法による系統樹作成が可能な "clustalw" の使い方メモ

バイオインフォマティクスの研究を進めていると、ある配列保存フォーマットから別のフォーマットに変換したい時がある。そんなときに有用な、bioperlを利用した配列アライメントファイルのフォーマット変換方法のメモ

perlではファイルを開くときに、 open(FILE,"open_file") or die "Can't open file!!"; こんな書き方をすることが多かったのですが、"or die" だとエラーが発生しても、"Can't open file!!" という自分が書き込んだ情報しか得られず、デバッグが非常にやりづ…

配列データベースの冗長性を排除するために、配列類似性に基づいてクラスタリングを行うプログラムCD-HIT(Cluster Database at High Identity with Torelance)の使い方メモ

NCBIのWebサービスを利用して、特定のGI numberリストを取得する方法のメモ研究の中でNCBIデータベース上にあるウイルス全タンパク質のGI numberリストが必要になったので、その方法を探してみました。すると、NCBIの検索機能である "Entrez" を利用すること…

perlによるデータ解析のための設定ファイルの作成方法と設定ファイル読み込みのためのモジュール "Config::Simple" に関するメモ

マルチプルアライメントされた配列においてオプション設定閾値にしたがって、保存されていると判定された領域のみを取り出すプログラム "Gblocks" の使い方とオプション設定に関するメモ

分子生物学でよく使われるBLASTプログラムについての使い方まとめ